Forskare har upptäckt en familj av unika korta upprepningar i grisgenomet, som har evolutionära likheter med liknande upprepningar i primater.
Forskare från Jilin University (Changchun, Kina) och Academy of Agricultural Sciences (Heilongjiang, Kina) deltog i projektet i samarbete med Firefly BioWorks Corporation (USA).
Efter att ha analyserat strukturen och ursprunget till PRE-1 (grisupprepningselement, bokstavligen - "grisupprepande element") kom de till slutsatsen att de närmaste släktingarna till primater på den tidigare superkontinenten Laurasia kunde vara svin. Forskningsförtrycket publicerades på bioRxiv-servern den 31 augusti 2015.
Den studerade CDP (kortdispergerad upprepning) PRE-1 är belägen i den intergena regionen, cirka 686 ~ 985 baspar före starten av genen som kodar för insulintillväxtfaktorbindande protein (IGFBP7). Den repetitiva 299 baspar-PRE-1-sekvensen jämfördes med 40 olika primat-Alu-upprepningar och signifikanta likheter hittades både i själva sekvenserna och i mönstret för deras upprepningsfördelning över kromosomer.
Den förutspådda sekundära strukturen för RNA upprepar PRE-1 viks in i en modell som liknar Alu-upprepningar. Slutligen föreslog det gemensamma ursprunget för PRE-1 och Alu från det så kallade 7SL-RNA (signaligenkännings-RNA) deras evolutionära likhet och tillskrev svin till familjen, som huvudsakligen inkluderar primater.
Tidigare, för att bygga fylogenetiska träd, litade forskare bara på likheterna och skillnaderna mellan gener och ignorerade det faktum att hela genomet genomgick förändringar, inklusive de element som inte kodar för proteiner eller RNA och vars betydelse fortfarande till stor del är oklar för forskare.
Kampanjvideo:
Denna studie, baserad på ett integrerat tillvägagångssätt för analysen av intergena element, ger enligt författarna "mycket övertygande" fakta från vilka evolutionära slutsatser kan dras. I synnerhet, enligt dessa resultat, skiftas den uppskattade tiden för artens avvikelse från 65 till 80-100 miljoner år sedan.
