Den första kända tillämpningen av kryptografi tros vara användningen av speciella hieroglyfer för ungefär 4 000 år sedan i antika Egypten. Beståndsdelar av kryptografi hittades redan i inskriptionerna av gamla och mellersta kungariket, helt kryptografiska texter har varit kända sedan perioden av XVIII-dynastin. Hieroglyfisk skrivning, härrörande från piktogram, var fylld med ideogram och som ett resultat av bristen på vocalization gjorde det möjligt att skapa fonogram enligt principen om pussel.
Egypternas kryptografi användes inte för att göra svårighet att läsa, men mer troligt, med skriftlärares önskan att överträffa varandra i vidd och uppfinningsrikedom, och också med hjälp av ovanligt och mystiskt att uppmärksamma sina texter. Ett av de illustrativa exemplen är texterna till förhärligande av adelsmannen Khnumhotep II (XIX-talet f. Kr.) som finns i ett välbevarat gravnummer BH 3 i området Beni Hasan.
De gamla egyptierna använde minst tre krypteringssystem.
I de antika indiska texterna, bland de 64 konsterna, benämns metoder för att ändra texten, några av dem kan tillskrivas kryptografiska. Författaren till surfplattan med receptet för tillverkning av glasyr för keramik från Mesopotamia använde sällsynta beteckningar, utelämnade bokstäver och ersatte namn med siffror för att dölja vad som skrevs. I framtiden finns det olika hänvisningar till användningen av kryptografi, de flesta avser användning i militära angelägenheter.
Med tillkomsten av fonetisk skrivning förenklades skrivandet omedelbart. I det antika semitiska alfabetet under 2000-talet f. Kr. fanns det bara cirka 30 tecken. De betecknade konsonanter, såväl som några vokaljud och stavelser. Förenklingen av skrivandet ledde till utveckling av kryptografi och kryptering.
Exempel på användning av kryptografi kan hittas i de heliga judiska böckerna, inklusive profeten Jeremias bok (6: e århundradet f. Kr.), där en enkel krypteringsmetod som kallas atbash användes. I stället för den första bokstaven i alfabetet skrev de den sista, istället för den andra - den näst sista, och så vidare.
En av de äldsta kända kryptografiska enheterna är skitala, även känd som "antikens sparta". Skitala (eller scitala från det grekiska σκυτάλη, wand) är en anordning som används för att utföra permutationskryptering. Skitala bestod av en cylinder och en smal remsa pergament lindad runt den i en spiral, på vilken ett meddelande skrevs. Denna enhet uppfanns av spartanerna och är känd för att ha använts i Sparta-kriget mot Aten i slutet av 500-talet f. Kr. e.