Rapportera om resultaten av genetisk analys av vävnadsprover från mumier som finns i Peru. Denna rapport utarbetades i november 2018.
Modellerna
- CEN4GEN-laboratorier (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Kanada T6E 6T9) - Provberedning och sekvensering.
- ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Mexiko) - dataanalys.
Efter en preliminär analys för kvalitet togs tre prover av 7 inlämnade prover för vidare analys.
Prover för analys
| Beteckning | originalnamn | Villkorligt namn | Bild |
| Ancient-0002 | Neck Bone Med Sittande 00-12 Victoria 4 | Victoria | Fig. 3.117 |
| Ancient-0003 | 1 Hand 001 | Separat hand med 3 fingrar | Bild 3.118 |
| Ancient-0004 | Momia 5 - DNA | Victoria | Fig. 3.117 |
För dessa prover utfördes följande operationer:
Kampanjvideo:
- Extraktion av DNA.
- DNA-kvalitetskontroll.
- DNA-multiplikation.
- Skapa DNA-bibliotek.
- DNA-sekvensering.
- Bildning av renad sekvenserad data.
- Kvalitetskontroll.
- Preliminär analys genom att lägga över DNA läser på det mänskliga genomet.
- Analys för isolering av kort DNA läser typiskt för forntida DNA.
- Överlagring av Ancient0003 DNA läser på befintliga mänskliga genombibliotek.
- Mitokondrial analys för detektion av D-loop-varianter och andra informativa platser för bestämning av mitokondriella haplotyper.
- Bestämning av kön på prover Ancient0003.
- Identifiering av möjliga främmande organismer i prover.
- Analys av DNA-databaser för att identifiera likheter med kända organismer.
Figur 3.117. Extrahera prover från Victorias nacke.
För att identifiera möjliga typer av organismer som finns i proverna Ancient0004 och Ancient0002 (Victoria) genomfördes DNA-skisser (Ondov et al., 2016), i vilka grupper av korta fragment, k-mers, jämfördes med tillgängliga databaser. BBTools-programvaran användes.
Följande organismer testades:
- Bakterie.
- Virus.
- Plasmider.
- Fager.
- Svampar.
- Plastiden.
- Kiselalger.
- Mänsklig.
- Bos Oxen.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: Etikett för följande genom:
- Lotus japonicus chloroplast, komplett genom.
- Canis lupus familiaris cOR9S3P olfaktorisk receptorfamilj 9 underfamilj S pseudogen (cOR9S3P) på kromosom 25.
- Vigna radiata mitochondrion, komplett genom.
- Millettia pinnata kloroplast, komplett genom.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, hela genomskottets sekvens.
- Asinibacterium sp. OR53-ställning1, hagelgevärsekvens av hela genom.
- Bacillus firmus-stammen LK28 32, hela genomets hagelgevärsekvens.
- Bupleurum falcatum kloroplast, komplett genom.
- Alicycliphilus sp. B1, hagelgevärsekvens av hela genom.
- Bacillus litoralis stam C44 Scaffold1, hela genomskottets sekvens.
- Chryseobacterium takakiae-stam DSM 26898, hela genomets hagelgevärsekvens.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- Bacillus halosackarovorans stam DSM 25387 Stillads3, hela genomskottets sekvens.
- Rhodospirillales-bakterie URHD0017, hagelgevärsekvens för hela genomet.
- Bacillus onubensis stam 10J4 10J4_trimmad_contig_26, hela genomskottets sekvens.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, hagelgevärsekvens för hela genomet.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, hela genomskottets gevärsekvens.
-
Ryggradsdjur: Etikett för följande genom:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Protozoer.
Bild 3.118. Bild och röntgenbild av två tre-fingrade händer.
Efter alla filter mottogs 27974521 läsningar för Ancient0002 och 304785398 läsningar för Ancient0004. Detta visar att 27% av DNA från Ancient0002-provet och 90% av DNA från Ancient0004-provet inte kan identifieras med de analyserade organismernas DNA-prover från tillgängliga databaser.
Nästa steg i analysen utfördes med hjälp av programvaran megahit v1.1.3 (Li et al., 2016). Följande resultat erhölls:
- Ancient0002: 60852 contigs, totalt 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, genomsnitt 829 bp, N50 868 bp, 884.385 (5,39%) monterade läsningar.
- Ancient0003: 54273 contigs, totalt 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, genomsnitt 972 bp, N50 1200 bp, 20 247 568 (65,69%) sammansatta läsningar.
Analysresultatet visas i figuren.
Figur 3.116. Förhållandet klassificerade läsningar för 28073655 Ancient0002 läsningar (toppdiagram) och 25084962 Ancient0004 läsningar (nedre diagram) i jämförelse med 34904805 DNA-bas som representerar 1109518 taxonomiska grupper.
Slutsats
Som ett resultat av analysen visades det att proverna Ancient0002 och Ancient0004 (Victoria) inte motsvarar det mänskliga genomet, medan provet Ancient0003 motsvarar väl det mänskliga genomet.
Kommentar av Korotkov K. G
Observera att handen med tre fingrar tillhörde en stor varelse, jämförbar i storlek med Maria, och resultatet som erhålls motsvarar resultatet av Marias DNA-analys. Victoria är en representant för "små varelser", och resultatet visar att deras DNA inte matchar några moderna jordiska varelser. Naturligtvis har vi inte data om gamla varelser som har försvunnit under miljoner år.
länkar
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: omfattande och mycket noggrann taxonomisk klassificering av kortlästa data i rimlig tid. Genomforskning, 28 (5), 751-758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Jämföra prestanda för tre forntida DNA-extraktionsmetoder för sekvensering med hög kapacitet. Molecular Ecology Resources, 16 (2), 459-469.
- Huang, W., Li, L., Myers, JR, & Marth, GT (2012). ART: en nästa generations sekvenseringsläs simulator. Bioinformatik, 28 (4), 593-594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: En snabb och skalbar metagenommonterare som drivs av avancerade metoder och samhällspraxis. Metoder, 102, 3-11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., & Phillippy, AM (2016). Mash: snabb uppskattning av genom och metagenom med MinHash. Genombiologi, 17 (1), 132.
- Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Karakterisering av forntida och moderna genom genom SNP-detektion och fylogenomisk och metagenomisk analys med PALEOMIX. Nature Protocols, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-server: nästa generations sekvenseringsdataanalys av humant mitokondriell DNA i molnet Nucleic Acids Research, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). Päron: en snabb och exakt Illumina Paired-End reAd fusionR. Bioinformatik, 30 (5), 614-620.
Material tillhandahållna av Konstantin Georgievich Korotkov (doktor i tekniska vetenskaper, professor, universitet för informationsteknologi, mekanik och optik) och Dmitry Vladislavovich Galetsky (kandidat för medicinska vetenskaper, I. P. Pavlov första St Petersburg State Medical University)
